Das Monitoring beginnt nach der Implementierung eines CDM-Projekts. Analog der im Project Design Document (PDD) angewendeten Monitoring-Methodologie müssen die Projektparameter fortlaufend überprüft und dokumentiert werden. Messprobenintervalle sind entsprechend dem Monitoring-Plan einzuhalten und die Messgeräte sind in festgesetzten Abständen auf deren Zuverlässigkeit zu kontrollieren und gegebenenfalls neu zu kalibrieren.

Die Wichtigkeit eines fehlerfreien Monitoring wird von vielen Projektbetreibern immer wieder unterschätzt, da oft angenommen wird, dass bereits ein registriertes Projekt die Generierung von CO2-Zertifikaten sichert.